diff --git a/.gitignore b/.gitignore index e5acf54..54b6326 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -6,4 +6,6 @@ config.yaml raw_list *.egg-info/ deps/ -docs/_build/ \ No newline at end of file +docs/_build/ +docs/jupyter_execute +target/ \ No newline at end of file diff --git a/.readthedocs.yaml b/.readthedocs.yaml new file mode 100644 index 0000000..59b70d6 --- /dev/null +++ b/.readthedocs.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# .readthedocs.yaml +# Read the Docs configuration file +# See https://docs.readthedocs.io/en/stable/config-file/v2.html for details + +# Required +version: 2 + +# Set the version of Python and other tools you might need +build: + os: ubuntu-20.04 + tools: + python: "3.12" + +# Build documentation in the docs/ directory with Sphinx +sphinx: + configuration: docs/conf.py + +# If using Sphinx, optionally build your docs in additional formats such as PDF +# formats: +# - pdf + +python: + install: + - method: pip + path: . + extra_requirements: + - docs \ No newline at end of file diff --git a/tree_compresser/Cargo.lock b/Cargo.lock similarity index 82% rename from tree_compresser/Cargo.lock rename to Cargo.lock index dc5c396..6896c6a 100644 --- a/tree_compresser/Cargo.lock +++ b/Cargo.lock @@ -47,17 +47,18 @@ version = "1.1.2" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" checksum = "79947af37f4177cfead1110013d678905c37501914fba0efea834c3fe9a8d60c" dependencies = [ - "windows-sys 0.59.0", + "windows-sys", ] [[package]] name = "anstyle-wincon" -version = "3.0.6" +version = "3.0.7" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "2109dbce0e72be3ec00bed26e6a7479ca384ad226efdd66db8fa2e3a38c83125" +checksum = "ca3534e77181a9cc07539ad51f2141fe32f6c3ffd4df76db8ad92346b003ae4e" dependencies = [ "anstyle", - "windows-sys 0.59.0", + "once_cell", + "windows-sys", ] [[package]] @@ -68,9 +69,9 @@ checksum = "ace50bade8e6234aa140d9a2f552bbee1db4d353f69b8217bc503490fc1a9f26" [[package]] name = "cc" -version = "1.2.1" +version = "1.2.13" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "fd9de9f2205d5ef3fd67e685b0df337994ddd4495e2a28d185500d0e1edfea47" +checksum = "c7777341816418c02e033934a09f20dc0ccaf65a5201ef8a450ae0105a573fda" dependencies = [ "shlex", ] @@ -83,9 +84,9 @@ checksum = "baf1de4339761588bc0619e3cbc0120ee582ebb74b53b4efbf79117bd2da40fd" [[package]] name = "clap" -version = "4.5.21" +version = "4.5.29" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "fb3b4b9e5a7c7514dfa52869339ee98b3156b0bfb4e8a77c4ff4babb64b1604f" +checksum = "8acebd8ad879283633b343856142139f2da2317c96b05b4dd6181c61e2480184" dependencies = [ "clap_builder", "clap_derive", @@ -93,9 +94,9 @@ dependencies = [ [[package]] name = "clap_builder" -version = "4.5.21" +version = "4.5.29" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "b17a95aa67cc7b5ebd32aa5370189aa0d79069ef1c64ce893bd30fb24bff20ec" +checksum = 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[[package]] name = "pyo3-macros-backend" -version = "0.23.1" +version = "0.23.4" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "9e77dfeb76b32bbf069144a5ea0a36176ab59c8db9ce28732d0f06f096bbfbc8" +checksum = "43abc3b80bc20f3facd86cd3c60beed58c3e2aa26213f3cda368de39c60a27e4" dependencies = [ "heck", "proc-macro2", @@ -309,8 +310,8 @@ dependencies = [ ] [[package]] -name = "qubed_tree" -version = "0.1.0" +name = "qubed" +version = "0.1.2" dependencies = [ "pyo3", "rsfdb", @@ -320,9 +321,9 @@ dependencies = [ [[package]] name = "quote" -version = "1.0.37" +version = "1.0.38" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "b5b9d34b8991d19d98081b46eacdd8eb58c6f2b201139f7c5f643cc155a633af" +checksum = "0e4dccaaaf89514f546c693ddc140f729f958c247918a13380cccc6078391acc" dependencies = [ "proc-macro2", ] @@ -381,24 +382,24 @@ dependencies = [ [[package]] name = "ryu" -version = "1.0.18" +version = "1.0.19" source = 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"a210d160f08b701c8721ba1c726c11662f877ea6b7094007e1ca9a1041945034" [[package]] name = "unindent" @@ -495,7 +496,7 @@ version = "0.1.9" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" checksum = "cf221c93e13a30d793f7645a0e7762c55d169dbb0a49671918a2319d289b10bb" dependencies = [ - "windows-sys 0.59.0", + "windows-sys", ] [[package]] @@ -504,15 +505,6 @@ version = "0.4.0" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" checksum = "712e227841d057c1ee1cd2fb22fa7e5a5461ae8e48fa2ca79ec42cfc1931183f" -[[package]] -name = "windows-sys" -version = "0.52.0" -source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" -checksum = "282be5f36a8ce781fad8c8ae18fa3f9beff57ec1b52cb3de0789201425d9a33d" -dependencies = [ - "windows-targets", -] - [[package]] name = "windows-sys" version = "0.59.0" diff --git a/tree_compresser/Cargo.toml b/Cargo.toml similarity index 80% rename from tree_compresser/Cargo.toml rename to Cargo.toml index 37ed7af..c041932 100644 --- 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[c1, c2, c3...]]] - -# - The first level (a) defines which attributes are used to name the top level directory -# - The second level (b) defines which attributes are used to name the data files -# - The third level (c) defines which attributes are used as index keys - -# * Rules can be grouped - -# [a1, a2, a3 ... -# [b1, b2, b3... [c1, c2, c3...]] -# [B1, B2, B3... [C1, C2, C3...]] -# ] - -# * A list of values can be given for an attribute -# [ ..., stream=enfo/efov, ... ] -# This will be used when matching rules. - -# * Attributes can be typed -# Globally, at the begining of this file: - -# refdate: Date; - -# or in the context of a rule: -# [type=cl, ... [date:ClimateMonth, ...]] - -# Typing attributes is done when the user's requests or the GRIB values need to be modified before directories, files and indexes are created. For example, ClimateMonth will transform 2010-04-01 to 'may' internally. - -# * Attributes can be optional -# [ step, levelist?, param ] -# They will be replaced internally by an empty value. It is also posiible to provide a default subtitution value: e.g. [domain?g] will consider the domain to be 'g' if missing. - -# * Attributes can be removed: -# [grid-] -# This is useful to remove attributes present in the GRIB that should not be ignored - -# * Rules are matched: - -# - If the attributes are present in the GRIB/Request, or marked optional or ignored -# - If a list of possible value is provided, one of them must match, for example -# [ class, expver, stream=enfo/efov, date, time, domain ] -# will match either stream=enfo or stream=efov, all other attributes will be matched if they exist in the GRIB or user's request - -# * On archive: -# - Attributes are extracted from the GRIB (namespace 'mars'), possibly modified by the attribute type -# - Only the first rule is used, so order is important -# - All GRIB attributes must be used by the rules, otherwise an error is raised - -# * On retrieve: -# - Attributes are extracted from the user's request, possibly modified by the attribute type (e.g. for handling of U/V) -# - All the matching rules are considered -# - Only attributes listed in the rules are used to extract values from the user's request - - -# Default types - -param: Param; -step: Step; -date: Date; -hdate: Date; -refdate: Date; -latitude: Double; -longitude: Double; -levelist: Double; -grid: Grid; -expver: Expver; - -time: Time; -fcmonth: Integer; - -number: Integer; -frequency: Integer; -direction: Integer; -channel: Integer; - -instrument: Integer; -ident: Integer; - -diagnostic: Integer; -iteration: Integer; -system: Integer; -method: Integer; - -# ??????? - -# reference: Integer; -# fcperiod: Integer; - -# opttime: Integer; -# leadtime: Integer; - -# quantile: ?????? -# range: ?????? - -# band: Integer; - - -######################################################## -# These rules must be first, otherwise fields of These -# classes will be index with the default rule for oper -[ class=ti/s2, expver, stream, date, time, model - [ origin, type, levtype, hdate? - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -[ class=ms, expver, stream, date, time, country=de - [ domain, type, levtype, dbase, rki, rty, ty - [ step, levelist?, param ]] -] - -[ class=ms, expver, stream, date, time, country=it - [ domain, type, levtype, model, bcmodel, icmodel:First3 - [ step, levelist?, param ] - ] -] - -[ class=el, expver, stream, date, time, domain - [ origin, type, levtype - [ step, levelist?, param ]] -] - -######################################################## -# The are the rules matching most of the fields -# oper/dcda -[ class, expver, stream=oper/dcda/scda, date, time, domain? - - [ type=im/sim - [ step?, ident, instrument, channel ]] - - [ type=ssd - [ step, param, ident, instrument, channel ]] - - [ type=4i, levtype - [ step, iteration, levelist, param ]] - - [ type=me, levtype - [ step, number, levelist?, param ]] - - [ type=ef, levtype - [ step, levelist?, param, channel? ]] - - [ type=ofb/mfb - [ obsgroup, reportype ]] - - [ type, levtype - [ step, levelist?, param ]] - -] - -# dcwv/scwv/wave -[ class, expver, stream=dcwv/scwv/wave, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, param, frequency?, direction? ]]] - -# enfo -[ class, expver, stream=enfo/efov, date, time, domain - - [ type, levtype=dp, product?, section? - [ step, number?, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - - [ type=tu, levtype, reference - [ step, number, levelist?, param ]] - - [ type, levtype - [ step, quantile?, number?, levelist?, param ]] - -] - -# waef/weov -[ class, expver, stream=waef/weov, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]] -] - -######################################################## -# enda -[ class, expver, stream=enda, date, time, domain - - [ type=ef/em/es/ses, levtype - [ step, number?, levelist?, param, channel? ]] - - [ type=ssd - [ step, number, param, ident, instrument, channel ]] - - - [ type, levtype - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -# ewda -[ class, expver, stream=ewda, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]] -] - - -######################################################## -# elda -[ class, expver, stream=elda, date, time, domain? - - [ type=ofb/mfb - [ obsgroup, reportype ]] - - [ type, levtype, anoffset - [ step, number?, levelist?, iteration?, param, channel? ]] -] - -# ewda -[ class, expver, stream=ewla, date, time, domain - [ type, levtype, anoffset - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]] -] - -######################################################## -# elda -[ class, expver, stream=lwda, date, time, domain? - - [ type=ssd, anoffset - [ step, param, ident, instrument, channel ]] - - [type=me, levtype, anoffset - [ number, step, levelist?, param]] - - [ type=4i, levtype, anoffset - [ step, iteration, levelist, param ]] - - [ type=ofb/mfb - [ obsgroup, reportype ]] - - [ type, levtype, anoffset - [ step, levelist?, param]] -] - -# ewda -[ class, expver, stream=lwwv, date, time, domain - [ type, levtype, anoffset - [ step, param, frequency?, direction? ]] -] -######################################################## -# amap -[ class, expver, stream=amap, date, time, domain - [ type, levtype, origin - [ step, levelist?, param ]]] - -# maed -[ class, expver, stream=maed, date, time, domain - [ type, levtype, origin - [ step, levelist?, param ]]] - -# mawv -[ class, expver, stream=mawv, date, time, domain - [ type, levtype, origin - [ step, param, frequency?, direction? ]]] - -# cher -[ class, expver, stream=cher, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, levelist, param ]]] - - -# efhc -[ class, expver, stream=efhc, refdate, time, domain - [ type, levtype, date - [ step, number?, levelist?, param ]]] - -# efho -[ class, expver, stream=efho, date, time, domain - [ type, levtype, hdate - [ step, number?, levelist?, param ]]] - - -# efhs -[ class, expver, stream=efhs, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, quantile?, number?, levelist?, param ]]] - -# wehs -[ class, expver, stream=wehs, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, quantile?, number?, levelist?, param ]]] - -# kwbc -[ class, expver, stream=kwbc, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, number?, levelist?, param ]]] - -# ehmm -[ class, expver, stream=ehmm, date, time, domain - [ type, levtype, hdate - [ fcmonth, levelist?, param ]]] - - -# ammc/cwao/edzw/egrr/lfpw/rjtd/toga -[ class, expver, stream=ammc/cwao/edzw/egrr/lfpw/rjtd/toga/fgge, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, levelist?, param ]]] - -######################################################################## - -# enfh -[ class, expver, stream=enfh, date, time, domain - - [ type, levtype=dp, hdate, product?, section? - [ step, number?, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - - [ type, levtype, hdate - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -# enwh -[ class, expver, stream=enwh, date, time, domain - [ type, levtype, hdate - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]] -] - -######################################################################## -# sens -[ class, expver, stream=sens, date, time, domain - [ type, levtype - [ step, diagnostic, iteration, levelist?, param ]]] - -######################################################################## -# esmm -[ class, expver, stream=esmm, date, time, domain - [ type, levtype - [ fcmonth, levelist?, param ]]] -# ewhc -[ class, expver, stream=ewhc, refdate, time, domain - [ type, levtype, date - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]]] - -######################################################################## -# ewho -[ class, expver, stream=ewho, date, time, domain - [ type, levtype, hdate - [ step, number?, param, frequency?, direction? ]]] - -# mfam -[ class, expver, stream=mfam, date, time, domain - - [ type=pb/pd, levtype, origin, system?, method - [ fcperiod, quantile, levelist?, param ]] - - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcperiod, number?, levelist?, param ]] - -] - -# mfhm -[ class, expver, stream=mfhm, refdate, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method, date? - [ fcperiod, number?, levelist?, param ]]] -# mfhw -[ class, expver, stream=mfhw, refdate, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method, date - [ step, number?, param ]]] -# mfwm -[ class, expver, stream=mfwm, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcperiod, number, param ]]] -# mhwm -[ class, expver, stream=mhwm, refdate, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method, date - [ fcperiod, number, param ]]] - -# mmsf -[ class, expver, stream=mmsf, date, time, domain - - [ type, levtype=dp, origin, product, section, system?, method - [ step, number, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - - [ type, levtype, origin, system?, method - [ step, number, levelist?, param ]] -] - -# mnfc -[ class, expver, stream=mnfc, date, time, domain - - [ type, levtype=dp, origin, product, section, system?, method - [ step, number?, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - - [ type, levtype, origin, system?, method - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -# mnfh -[ class, expver, stream=mnfh, refdate, time, domain - [ type, levtype=dp, origin, product, section, system?, method, date - [ step, number?, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - [ type, levtype, origin, system?, method, date? - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -# mnfm -[ class, expver, stream=mnfm, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcperiod, number?, levelist?, param ]]] - -# mnfw -[ class, expver, stream=mnfw, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ step, number?, param ]]] - -# ea/mnth -[ class=ea, expver, stream=mnth, date, domain - [ type, levtype - [ time, step?, levelist?, param ]]] - -# mnth -[ class, expver, stream=mnth, domain - [ type=cl, levtype - [ date: ClimateMonthly, time, levelist?, param ]] - [ type, levtype - [ date , time, step?, levelist?, param ]]] - -# mofc -[ class, expver, stream=mofc, date, time, domain - [ type, levtype=dp, product, section, system?, method - [ step, number?, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - [ type, levtype, system?, method - [ step, number?, levelist?, param ]] -] - -# mofm -[ class, expver, stream=mofm, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ fcperiod, number, levelist?, param ]]] - -# mmsa/msmm -[ class, expver, stream=mmsa, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcmonth, number?, levelist?, param ]]] - -[ class, expver, stream=msmm, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcmonth, number?, levelist?, param ]]] - -# ocea -[ class, expver, stream=ocea, date, time, domain - [ type, levtype, product, section, system?, method - [ step, number, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] -] - -#=# seas -[ class, expver, stream=seas, date, time, domain - - [ type, levtype=dp, product, section, system?, method - [ step, number, levelist?, latitude?, longitude?, range?, param ]] - - [ type, levtype, system?, method - [ step, number, levelist?, param ]] -] - -# sfmm/smma -[ class, expver, stream=sfmm/smma, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ fcmonth, number?, levelist?, param ]]] - -# supd -[ class=od, expver, stream=supd, date, time, domain - [ type, levtype, origin?, grid - [ step, levelist?, param ]]] - -# For era -[ class, expver, stream=supd, date, time, domain - [ type, levtype, grid- # The minus sign is here to consume 'grid', but don't index it - [ step, levelist?, param ]]] - -# swmm -[ class, expver, stream=swmm, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ fcmonth, number, param ]]] - -# wamf -[ class, expver, stream=wamf, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ step, number?, param ]]] - -# ea/wamo -[ class=ea, expver, stream=wamo, date, domain - [ type, levtype - [ time, step?, param ]]] - -# wamo -[ class, expver, stream=wamo, domain - [ type=cl, levtype - [ date: ClimateMonthly, time, param ]] - [ type, levtype - [ date, time, step?, param ]]] - -# wamd -[ class, expver, stream=wamd, date, domain - [ type, levtype - [ param ]]] - -# wasf -[ class, expver, stream=wasf, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ step, number, param ]]] -# wmfm -[ class, expver, stream=wmfm, date, time, domain - [ type, levtype, system?, method - [ fcperiod, number, param ]]] - -# moda -[ class, expver, stream=moda, date, domain - [ type, levtype - [ levelist?, param ]]] - -# msdc/mdfa/msda -[ class, expver, stream=msdc/mdfa/msda, domain - [ type, levtype - [ date, time?, step?, levelist?, param ]]] - - - -# seap -[ class, expver, stream=seap, date, time, domain - [ type=sv/svar, levtype, origin, method? - [ step, leadtime, opttime, number, levelist?, param ]] - - [ type=ef, levtype, origin - [ step, levelist?, param, channel? ]] - - [ type, levtype, origin - [ step, levelist?, param ]] - - ] - -[ class, expver, stream=mmaf, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ step, number, levelist?, param ]] -] - -[ class, expver, stream=mmam, date, time, domain - [ type, levtype, origin, system?, method - [ fcmonth, number, levelist?, param ]] -] - - -[ class, expver, stream=dacl, domain - [ type=pb, levtype - [ date: ClimateDaily, time, step, quantile, levelist?, param ]] - [ type, levtype - [ date: ClimateDaily, time, step, levelist?, param ]] - -] - -[ class, expver, stream=dacw, domain - [ type=pb, levtype - [ date: ClimateDaily, time, step, quantile, param ]] - [ type, levtype - [ date: ClimateDaily, time, step, param ]] - -] - -[ class, expver, stream=edmm/ewmm, date, time, domain - [ type=ssd - [ step, number, param, ident, instrument, channel ]] - [ type, levtype - [ step, number, levelist?, param ]] -] - -[ class, expver, stream=edmo/ewmo, date, domain - [ type, levtype - [ number, levelist?, param ]] -] - -# stream gfas -[ class=mc/rd, expver, stream=gfas, date, time, domain - [ type=ga, levtype - [ step, param ]] - - [ type=gsd - [ param, ident, instrument ]] - -] - -# class is e2 -[ class, expver, stream=espd, date, time, domain - [ type, levtype, origin, grid - [ step, number, levelist?, param ]]] - -[ class=cs, expver, stream, date:Default, time, domain - [ type, levtype - [ step, levelist?, param ]]] - - diff --git a/docs/conf.py b/docs/conf.py index c2278ca..3b763eb 100644 --- a/docs/conf.py +++ b/docs/conf.py @@ -17,17 +17,15 @@ release = '0.1.0' extensions = [ "sphinx.ext.autodoc", # for generating documentation from the docstrings in our code "sphinx.ext.napoleon", # for parsing Numpy and Google stye docstrings - "myst_parser", # For parsing markdown + "myst_nb", # For parsing markdown ] templates_path = ['_templates'] -exclude_patterns = ['_build', 'Thumbs.db', '.DS_Store'] +exclude_patterns = ['_build', 'Thumbs.db', '.DS_Store', "jupyter_execute"] source_suffix = { ".rst": "restructuredtext", - ".txt": "markdown", - ".md": "markdown", } # -- Options for HTML output ------------------------------------------------- diff --git a/docs/index.md b/docs/index.md index afd9a7c..17b232d 100644 --- a/docs/index.md +++ b/docs/index.md @@ -1,3 +1,15 @@ +--- +jupytext: + text_representation: + extension: .md + format_name: myst + format_version: 0.13 + jupytext_version: 1.16.4 +kernelspec: + display_name: Python 3 + language: python + name: python3 +--- ## Qubed # Datacubes, Trees and Compressed trees @@ -7,7 +19,8 @@ This first part is essentially a abridged version of the [datacube spec](https:/ Qubed is primarily geared towards dealing with datafiles uniquely labeled by sets of key value pairs. We'll call a set of key value pairs that uniquely labels some data an `identifier`. Here's an example: ```python -{'class': 'd1', +{ + 'class': 'd1', 'dataset': 'climate-dt', 'generation': '1', 'date': '20241102', @@ -19,7 +32,8 @@ Qubed is primarily geared towards dealing with datafiles uniquely labeled by set Unfortunately, we have more than one data file. If we are lucky, the set of identifiers that current exists might form a dense datacube that we could represent like this: ```python -{'class': ['d1', 'd2'], +{ + 'class': ['d1', 'd2'], 'dataset': 'climate-dt', 'generation': ['1','2','3'], 'model': 'icon', @@ -29,53 +43,48 @@ Unfortunately, we have more than one data file. If we are lucky, the set of iden } ``` -with the property that any particular choice for a value for any key will correspond to datafile that exists. +with the property that any particular choice for a value for any key will correspond to datafile that exists. So this object represents `2x1x3x1x2x2x4 = 96` different datafiles. To save space I will also represent this same thing like this: ``` -- class=d1/d2, dataset=climate-dt, generation=1/2/3, model=icon, date=20241102/20241103, resolution=high/low, time=0000/0600/1200/1800 +- class=d1/d2, dataset=climate-dt, generation=1/2/3, ..., time=0000/0600/1200/1800 ``` Unfortunately, we are not lucky and our datacubes are not always dense. In this case we might instead represent which data exists using a tree: -``` -root -├── class=od -│ ├── expver=0001 -│ │ ├── param=1 -│ │ └── param=2 -│ └── expver=0002 -│ ├── param=1 -│ └── param=2 -└── class=rd - ├── expver=0001 - │ ├── param=1 - │ ├── param=2 - │ └── param=3 - └── expver=0002 - ├── param=1 - └── param=2 + +```{code-cell} python3 +from qubed import Qube + +q = Qube.from_dict({ + "class=od" : { + "expver=0001": {"param=1":{}, "param=2":{}}, + "expver=0002": {"param=1":{}, "param=2":{}}, + }, + "class=rd" : { + "expver=0001": {"param=1":{}, "param=2":{}, "param=3":{}}, + "expver=0002": {"param=1":{}, "param=2":{}}, + }, +}) + +q.print() ``` But it's clear that the above tree contains a lot of redundant information. Many of the subtrees are identical for example. Indeed in practice a lot of our data turns out to be 'nearly dense' in that it contains many dense datacubes within it. There are many valid ways one could compress this tree. If we add the restriction that no identical key=value pairs can be adjacent then here is the compressed tree we might get: -``` -root -├── class=rd -│ ├── expver=0001, param=1/2/3 -│ └── expver=0002, param=1/2 -└── class=od, expver=0001/0002, param=1/2 -``` +```{code-cell} python3 +q.compress().print() +```` -Without the above restriction we could instead have: +Without the above restriction we could, for example, have: ``` root -├── class=rd -│ ├── expver=0001, param=3 -│ └── expver=0001/0002, param=1/2 -└── class=od, expver=0001/0002, param=1/2 +├── class=od, expver=0001/0002, param=1/2 +└── class=rd + ├── expver=0001, param=3 + └── expver=0001/0002, param=1/2 ``` but we do not allow this because it would mean we would have to take multiple branches in order to find data with `expver=0001`. diff --git a/notebooks/test.ipynb b/notebooks/test.ipynb index 9f2c4ee..9f44601 100644 --- a/notebooks/test.ipynb +++ b/notebooks/test.ipynb @@ -13,8 +13,8 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 25, - "id": "dbafb47a-db5f-4414-8ce7-6dd3d5b24cd8", + "execution_count": 6, + "id": "d9966f80-7bd3-4404-920e-c8262f304a02", "metadata": {}, "outputs": [ { @@ -50,35 +50,449 @@ " background-color: #f0f0f0;\n", " }\n", " .qubed-tree-view details > summary::after {\n", - " content: ' ';\n", + " content: ' ▲';\n", " }\n", " .qubed-tree-view details:not([open]) > summary::after {\n", " content: \" ▼\";\n", " }\n", " \n", "\n", - " 
activity=scenariomip, class=d1, dataset=climate-dt
├── date=20241201, experiment=ssp3-7.0, expver=0001, generation=1
│   ├── model=icon, realization=1, stream=clte
│   │   ├── levtype=sfc, resolution=high, type=fc, param=130/134/137/146/147/151/165/166/167/168/169/175/17...│   │   │   ├── time=0000│   │   │   ├── time=0100│   │   │   ├── time=0200│   │   │   ├── time=0300│   │   │   ├── time=0400│   │   │   ├── time=0500│   │   │   ├── time=0600│   │   │   ├── time=0700│   │   │   ├── time=0800│   │   │   ├── time=0900│   │   │   ├── time=1000│   │   │   ├── time=1100│   │   │   ├── time=1200│   │   │   ├── time=1300│   │   │   ├── time=1400│   │   │   ├── time=1500│   │   │   ├── time=1600│   │   │   ├── time=1700│   │   │   ├── time=1800│   │   │   ├── time=1900│   │   │   ├── time=2000│   │   │   └── time=2100
│   │   ├── levtype=pl, resolution=high, type=fc, levelist=1/10/100/1000/150/20/200/250/30/300/400/5/50/500/6..., param=129/130/131/132/133/135/157/246│   │   │   ├── time=0000│   │   │   ├── time=0100│   │   │   ├── time=0200│   │   │   ├── time=0300│   │   │   ├── time=0400│   │   │   ├── time=0500│   │   │   ├── time=0600│   │   │   ├── time=0700│   │   │   ├── time=0800│   │   │   ├── time=0900│   │   │   ├── time=1000│   │   │   ├── time=1100│   │   │   ├── time=1200│   │   │   ├── time=1300│   │   │   ├── time=1400│   │   │   ├── time=1500│   │   │   ├── time=1600│   │   │   ├── time=1700│   │   │   ├── time=1800│   │   │   ├── time=1900│   │   │   ├── time=2000│   │   │   └── time=2100
│   │   ├── levtype=o3d, resolution=high, type=fc│   │   │   ├── levelist=1/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/2/20/21/22/23/24/2..., param=263500/263501/263505/263506/263507, time=0000/to/0000/by/100│   │   │   └── levelist=73, param=263507, time=0000/to/0000/by/100
│   │   └── levtype=o2d, resolution=high, type=fc, param=263000/263001/263003/263004/263009/263114/263124, time=0000/to/0000/by/100
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└── date=20190601
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├── date=20050903, experiment=hist, expver=0001, generation=1, model=icon, realization=1, stream=clte
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"Tom Hodson", email = "thomas.hodson@ecmwf.int"}, @@ -21,17 +21,16 @@ dependencies = [ ] [tool.maturin] -python-source = "python_src" -module-name = "tree_traverser.rust" +python-source = "src/python" +module-name = "qubed.rust" features = ["pyo3/extension-module"] - [project.optional-dependencies] docs = [ "sphinx", "sphinx-rtd-theme", - "myst-parser", + "myst_nb", "sphinx-autobuild" ] \ No newline at end of file diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/CompressedDataCubeTree.py b/src/python/qubed/CompressedDataCubeTree.py similarity index 99% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/CompressedDataCubeTree.py rename to src/python/qubed/CompressedDataCubeTree.py index c4b4a9e..d8d224b 100644 --- a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/CompressedDataCubeTree.py +++ b/src/python/qubed/CompressedDataCubeTree.py @@ -4,7 +4,7 @@ from dataclasses import dataclass, field from frozendict import frozendict -from .DataCubeTree import Enum, NodeData, Tree +from .Qube import Enum, NodeData, Tree from .tree_formatters import HTML, node_tree_to_html, node_tree_to_string NodeId = int diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/CompressedTree.py b/src/python/qubed/CompressedTree.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/CompressedTree.py rename to src/python/qubed/CompressedTree.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/DataCubeTree.py b/src/python/qubed/Qube.py similarity index 67% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/DataCubeTree.py rename to src/python/qubed/Qube.py index 6db97d2..10a6057 100644 --- a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/DataCubeTree.py +++ b/src/python/qubed/Qube.py @@ -1,5 +1,7 @@ import dataclasses +from collections import defaultdict from dataclasses import dataclass, field +from functools import cached_property from typing import Any, Callable, Hashable, Literal, Mapping from frozendict import frozendict @@ -31,9 +33,9 @@ class NodeData: return f"{self.key}={self.values.summary()}" if self.key != "root" else "root" @dataclass(frozen=True, eq=True, order=True) -class Tree: +class Qube: data: NodeData - children: tuple['Tree', ...] + children: tuple['Qube', ...] @property def key(self) -> str: @@ -52,7 +54,7 @@ class Tree: return self.data.summary() @classmethod - def make(cls, key : str, values : Values, children, **kwargs) -> 'Tree': + def make(cls, key : str, values : Values, children, **kwargs) -> 'Qube': return cls( data = NodeData(key, values, metadata = kwargs.get("metadata", frozendict()) ), @@ -61,9 +63,9 @@ class Tree: @classmethod - def from_json(cls, json: dict) -> 'Tree': - def from_json(json: dict) -> Tree: - return Tree.make( + def from_json(cls, json: dict) -> 'Qube': + def from_json(json: dict) -> Qube: + return Qube.make( key=json["key"], values=values_from_json(json["values"]), metadata=json["metadata"] if "metadata" in json else {}, @@ -72,20 +74,20 @@ class Tree: return from_json(json) @classmethod - def from_dict(cls, d: dict) -> 'Tree': - def from_dict(d: dict) -> tuple[Tree, ...]: - return tuple(Tree.make( + def from_dict(cls, d: dict) -> 'Qube': + def from_dict(d: dict) -> tuple[Qube, ...]: + return tuple(Qube.make( key=k.split("=")[0], values=Enum(tuple(k.split("=")[1].split("/"))), children=from_dict(children) ) for k, children in d.items()) - return Tree.make(key = "root", + return Qube.make(key = "root", values=Enum(("root",)), children = from_dict(d)) @classmethod - def empty(cls) -> 'Tree': + def empty(cls) -> 'Qube': return cls.make("root", Enum(("root",)), []) @@ -101,7 +103,7 @@ class Tree: return node_tree_to_html(self, depth = 2, collapse = True) - def __getitem__(self, args) -> 'Tree': + def __getitem__(self, args) -> 'Qube': key, value = args for c in self.children: if c.key == key and value in c.values: @@ -111,16 +113,16 @@ class Tree: - def transform(self, func: 'Callable[[Tree], Tree | list[Tree]]') -> 'Tree': + def transform(self, func: 'Callable[[Qube], Qube | list[Qube]]') -> 'Qube': """ - Call a function on every node of the tree, return one or more nodes. + Call a function on every node of the Qube, return one or more nodes. If multiple nodes are returned they each get a copy of the (transformed) children of the original node. Any changes to the children of a node will be ignored. """ - def transform(node: Tree) -> list[Tree]: + def transform(node: Qube) -> list[Qube]: children = [cc for c in node.children for cc in transform(c)] new_nodes = func(node) - if isinstance(new_nodes, Tree): + if isinstance(new_nodes, Qube): new_nodes = [new_nodes] return [dataclasses.replace(new_node, children = children) @@ -129,35 +131,14 @@ class Tree: children = tuple(cc for c in self.children for cc in transform(c)) return dataclasses.replace(self, children = children) - def guess_datatypes(self) -> 'Tree': - def guess_datatypes(node: Tree) -> list[Tree]: - # Try to convert enum values into more structured types - children = tuple(cc for c in node.children for cc in guess_datatypes(c)) - - if isinstance(node.values, Enum): - match node.key: - case "time": range_class = TimeRange - case "date": range_class = DateRange - case _: range_class = None - - if range_class is not None: - return [ - dataclasses.replace(node, values = range, children = children) - for range in range_class.from_strings(node.values.values) - ] - return [dataclasses.replace(node, children = children)] - - children = tuple(cc for c in self.children for cc in guess_datatypes(c)) - return dataclasses.replace(self, children = children) - - def select(self, selection : dict[str, str | list[str]], mode: Literal["strict", "relaxed"] = "relaxed") -> 'Tree': + def select(self, selection : dict[str, str | list[str]], mode: Literal["strict", "relaxed"] = "relaxed") -> 'Qube': # make all values lists selection = {k : v if isinstance(v, list) else [v] for k,v in selection.items()} def not_none(xs): return tuple(x for x in xs if x is not None) - def select(node: Tree) -> Tree | None: + def select(node: Qube) -> Qube | None: # Check if the key is specified in the selection if node.key not in selection: if mode == "strict": @@ -176,10 +157,10 @@ class Tree: @staticmethod - def _insert(position: "Tree", identifier : list[tuple[str, list[str]]]): + def _insert(position: "Qube", identifier : list[tuple[str, list[str]]]): """ This algorithm goes as follows: - We're at a particular node in the tree, and we have a list of key-values pairs that we want to insert. + We're at a particular node in the Qube, and we have a list of key-values pairs that we want to insert. We take the first key values pair key, values = identifier.pop(0) @@ -226,12 +207,12 @@ class Tree: # values = values - values_set # At the end of this loop values will contain only the new values # if group_1: - # group_1_node = Tree.make(c.key, Enum(tuple(group_1)), c.children) + # group_1_node = Qube.make(c.key, Enum(tuple(group_1)), c.children) # new_children.append(group_1_node) # Add the unaffected part of this child # if group_2: - # new_node = Tree.make(key, Enum(tuple(affected)), []) - # new_node = Tree._insert(new_node, identifier) + # new_node = Qube.make(key, Enum(tuple(affected)), []) + # new_node = Qube._insert(new_node, identifier) # new_children.append(new_node) # Add the affected part of this child @@ -243,21 +224,71 @@ class Tree: # # If there are any values not in any of the existing children, add them as a new child # if entirely_new_values: - # new_node = Tree.make(key, Enum(tuple(entirely_new_values)), []) - # new_children.append(Tree._insert(new_node, identifier)) + # new_node = Qube.make(key, Enum(tuple(entirely_new_values)), []) + # new_children.append(Qube._insert(new_node, identifier)) - return Tree.make(position.key, position.values, new_children) + return Qube.make(position.key, position.values, new_children) - def insert(self, identifier : dict[str, list[str]]) -> 'Tree': + def insert(self, identifier : dict[str, list[str]]) -> 'Qube': insertion = [(k, v) for k, v in identifier.items()] - return Tree._insert(self, insertion) + return Qube._insert(self, insertion) def to_list_of_cubes(self): - def to_list_of_cubes(node: Tree) -> list[list[Tree]]: + def to_list_of_cubes(node: Qube) -> list[list[Qube]]: return [[node] + sub_cube for c in node.children for sub_cube in to_list_of_cubes(c)] return to_list_of_cubes(self) def info(self): cubes = self.to_list_of_cubes() - print(f"Number of distinct paths: {len(cubes)}") \ No newline at end of file + print(f"Number of distinct paths: {len(cubes)}") + + @cached_property + def structural_hash(self) -> int: + """ + This hash takes into account the key, values and children's key values recursively. + Because nodes are immutable, we only need to compute this once. + """ + def hash_node(node: Qube) -> int: + return hash((node.key, node.values, tuple(c.structural_hash for c in node.children))) + + return hash_node(self) + + def compress(self) -> "Qube": + # First compress the children + new_children = [child.compress() for child in self.children] + + # Now take the set of new children and see if any have identical key, metadata and children + # the values may different and will be collapsed into a single node + identical_children = defaultdict(set) + for child in new_children: + # only care about the key and children of each node, ignore values + key = hash((child.key, tuple((cc.structural_hash for cc in child.children)))) + identical_children[key].add(child) + + # Now go through and create new compressed nodes for any groups that need collapsing + new_children = [] + for child_set in identical_children.values(): + if len(child_set) > 1: + child_set = list(child_set) + key = child_set[0].key + + # Compress the children into a single node + assert all(isinstance(child.data.values, Enum) for child in child_set), "All children must have Enum values" + + node_data = NodeData( + key = key, + metadata = frozendict(), # Todo: Implement metadata compression + values = Enum(tuple(v for child in child_set for v in child.data.values.values)), + ) + new_child = Qube(data = node_data, children = child_set[0].children) + else: + # If the group is size one just keep it + new_child = child_set.pop() + + new_children.append(new_child) + + return Qube( + data = self.data, + children = tuple(sorted(new_children)) + ) \ No newline at end of file diff --git a/src/python/qubed/__init__.py b/src/python/qubed/__init__.py new file mode 100644 index 0000000..116bd4e --- /dev/null +++ b/src/python/qubed/__init__.py @@ -0,0 +1,2 @@ +from . import rust as backend +from .Qube import Qube \ No newline at end of file diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/__main__.py b/src/python/qubed/__main__.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/__main__.py rename to src/python/qubed/__main__.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/__init__.py b/src/python/qubed/fdb_schema/__init__.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/__init__.py rename to src/python/qubed/fdb_schema/__init__.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/fdb_schema_parser.py b/src/python/qubed/fdb_schema/fdb_schema_parser.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/fdb_schema_parser.py rename to src/python/qubed/fdb_schema/fdb_schema_parser.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/fdb_types.py b/src/python/qubed/fdb_schema/fdb_types.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/fdb_schema/fdb_types.py rename to src/python/qubed/fdb_schema/fdb_types.py diff --git a/src/python/qubed/rust.cpython-312-darwin.so b/src/python/qubed/rust.cpython-312-darwin.so new file mode 100755 index 0000000..adeecf7 Binary files /dev/null and b/src/python/qubed/rust.cpython-312-darwin.so differ diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/tree_formatters.py b/src/python/qubed/tree_formatters.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/tree_formatters.py rename to src/python/qubed/tree_formatters.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/trie.py b/src/python/qubed/trie.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/trie.py rename to src/python/qubed/trie.py diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/value_types.py b/src/python/qubed/value_types.py similarity index 100% rename from tree_compresser/python_src/tree_traverser/value_types.py rename to src/python/qubed/value_types.py diff --git a/tree_compresser/rust_src/compressed_tree.rs b/src/rust/compressed_tree.rs similarity index 100% rename from tree_compresser/rust_src/compressed_tree.rs rename to src/rust/compressed_tree.rs diff --git a/tree_compresser/rust_src/lib.rs b/src/rust/lib.rs similarity index 100% rename from tree_compresser/rust_src/lib.rs rename to src/rust/lib.rs diff --git a/tree_compresser/rust_src/tree.rs b/src/rust/tree.rs similarity index 100% rename from tree_compresser/rust_src/tree.rs rename to src/rust/tree.rs diff --git a/stac_server/main.py b/stac_server/main.py index 0d1e47b..5be8e8d 100644 --- a/stac_server/main.py +++ b/stac_server/main.py @@ -1,8 +1,8 @@ import json import os from collections import defaultdict -from typing import Any, Dict from pathlib import Path +from typing import Any, Dict import redis import yaml @@ -108,6 +108,12 @@ def get_leaves(tree): for leaf in get_leaves(v): yield leaf +@app.get("/api/tree") +async def get_tree(request: Request): + request_dict = request_to_dict(request) + print(c_tree.multi_match(request_dict)) + return c_tree.multi_match(request_dict) + @app.get("/api/match") async def get_match(request: Request): # Convert query parameters to dictionary format diff --git a/stac_server/run.sh b/stac_server/run.sh index c3b7060..f42d2bb 100755 --- a/stac_server/run.sh +++ b/stac_server/run.sh @@ -1,3 +1,3 @@ parent_path=$( cd "$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")" ; pwd -P ) cd "$parent_path" -CONFIG_DIR=../config/local fastapi dev ./main.py --port 8124 --reload \ No newline at end of file +LOCAL_CACHE=../config/climate-dt fastapi dev ./main.py --port 8124 --reload \ No newline at end of file diff --git a/tree_compresser/tests/data/fdb_list_compact.gz b/tests/data/fdb_list_compact.gz similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/data/fdb_list_compact.gz rename to tests/data/fdb_list_compact.gz diff --git a/tree_compresser/tests/data/fdb_list_porcelain.gz b/tests/data/fdb_list_porcelain.gz similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/data/fdb_list_porcelain.gz rename to tests/data/fdb_list_porcelain.gz diff --git a/tree_compresser/tests/data/mars_list.gz b/tests/data/mars_list.gz similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/data/mars_list.gz rename to tests/data/mars_list.gz diff --git a/tree_compresser/tests/new_format.py b/tests/new_format.py similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/new_format.py rename to tests/new_format.py diff --git a/tree_compresser/tests/open_climate_dt.py b/tests/open_climate_dt.py similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/open_climate_dt.py rename to tests/open_climate_dt.py diff --git a/tree_compresser/tests/reconstruct.py b/tests/reconstruct.py similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/reconstruct.py rename to tests/reconstruct.py diff --git a/tree_compresser/tests/test.py b/tests/test.py similarity index 100% rename from tree_compresser/tests/test.py rename to tests/test.py diff --git a/tree_compresser/.gitignore b/tree_compresser/.gitignore deleted file mode 100644 index c8f0442..0000000 --- a/tree_compresser/.gitignore +++ /dev/null @@ -1,72 +0,0 @@ -/target - -# Byte-compiled / optimized / DLL files -__pycache__/ -.pytest_cache/ -*.py[cod] - -# C extensions -*.so - -# Distribution / packaging -.Python -.venv/ -env/ -bin/ -build/ -develop-eggs/ -dist/ -eggs/ -lib/ -lib64/ -parts/ -sdist/ -var/ -include/ -man/ -venv/ -*.egg-info/ -.installed.cfg -*.egg - -# Installer logs -pip-log.txt -pip-delete-this-directory.txt -pip-selfcheck.json - -# Unit test / coverage reports -htmlcov/ -.tox/ -.coverage -.cache -nosetests.xml -coverage.xml - -# Translations -*.mo - -# Mr Developer -.mr.developer.cfg -.project -.pydevproject - -# Rope -.ropeproject - -# Django stuff: -*.log -*.pot - -.DS_Store - -# Sphinx documentation -docs/_build/ - -# PyCharm -.idea/ - -# VSCode -.vscode/ - -# Pyenv -.python-version diff --git a/tree_compresser/README.md b/tree_compresser/README.md deleted file mode 100644 index 88a9cb9..0000000 --- a/tree_compresser/README.md +++ /dev/null @@ -1,21 +0,0 @@ - -``` -pip install maturin -maturing develop -``` - - - -To values.yaml add config for the periodic update job: - How often to run the update job - What request stub to use: - dataset: climate-dt - date: -2/-1 - etc... - What order to put the keys in in the tree - key_order: - - activity - - class - - dataset - - date - diff --git a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/__init__.py b/tree_compresser/python_src/tree_traverser/__init__.py deleted file mode 100644 index dcd3b3c..0000000 --- a/tree_compresser/python_src/tree_traverser/__init__.py +++ /dev/null @@ -1,2 +0,0 @@ -from . import rust as backend -from .CompressedTree import CompressedTree, RefcountedDict \ No newline at end of file