diff --git a/notebooks/DataCubeTree.py b/notebooks/DataCubeTree.py
new file mode 100644
index 0000000..427e198
--- /dev/null
+++ b/notebooks/DataCubeTree.py
@@ -0,0 +1,395 @@
+import dataclasses
+from abc import ABC, abstractmethod
+from dataclasses import dataclass
+from datetime import date, datetime, timedelta
+from typing import Any, Callable, Iterable, Literal
+
+
+@dataclass(frozen=True)
+class HTML():
+ html: str
+ def _repr_html_(self):
+ return self.html
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Values(ABC):
+ @abstractmethod
+ def summary(self) -> str:
+ pass
+ @abstractmethod
+ def __len__(self) -> int:
+ pass
+
+ @abstractmethod
+ def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+ pass
+
+ @abstractmethod
+ def from_strings(self, values: list[str]) -> list['Values']:
+ pass
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Enum(Values):
+ """
+ The simplest kind of key value is just a list of strings.
+ summary -> string1/string2/string....
+ """
+ values: list[Any]
+
+ def __len__(self) -> int:
+ return len(self.values)
+ def summary(self) -> str:
+ return '/'.join(sorted(self.values))
+ def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+ return value in self.values
+ def from_strings(self, values: list[str]) -> list['Values']:
+ return [Enum(values)]
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Range(Values, ABC):
+ dtype: str = dataclasses.field(kw_only=True)
+
+@dataclass(frozen=True)
+class DateRange(Range):
+ start: date
+ end: date
+ step: timedelta
+ dtype: Literal["date"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="date")
+
+ @classmethod
+ def from_strings(self, values: list[str]) -> list['DateRange']:
+ dates = sorted([datetime.strptime(v, "%Y%m%d") for v in values])
+ if len(dates) < 2:
+ return [DateRange(
+ start=dates[0],
+ end=dates[0],
+ step=timedelta(days=0)
+ )]
+
+ ranges = []
+ current_range, dates = [dates[0],], dates[1:]
+ while len(dates) > 1:
+ if dates[0] - current_range[-1] == timedelta(days=1):
+ current_range.append(dates.pop(0))
+
+ elif len(current_range) == 1:
+ ranges.append(DateRange(
+ start=current_range[0],
+ end=current_range[0],
+ step=timedelta(days=0)
+ ))
+ current_range = [dates.pop(0),]
+
+ else:
+ ranges.append(DateRange(
+ start=current_range[0],
+ end=current_range[-1],
+ step=timedelta(days=1)
+ ))
+ current_range = [dates.pop(0),]
+ return ranges
+
+ def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+ v = datetime.strptime(value, "%Y%m%d").date()
+ return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0
+
+
+ def __len__(self) -> int:
+ return (self.end - self.start) // self.step
+
+ def summary(self) -> str:
+ def fmt(d): return d.strftime("%Y%m%d")
+ if self.step == timedelta(days=0):
+ return f"{fmt(self.start)}"
+ if self.step == timedelta(days=1):
+ return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}"
+
+ return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step // timedelta(days=1)}"
+
+@dataclass(frozen=True)
+class TimeRange(Range):
+ start: int
+ end: int
+ step: int
+ dtype: Literal["time"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="time")
+
+ @classmethod
+ def from_strings(self, values: list[str]) -> list['TimeRange']:
+ if len(values) == 0: return []
+
+ times = sorted([int(v) for v in values])
+ if len(times) < 2:
+ return [TimeRange(
+ start=times[0],
+ end=times[0],
+ step=100
+ )]
+
+ ranges = []
+ current_range, times = [times[0],], times[1:]
+ while len(times) > 1:
+ if times[0] - current_range[-1] == 1:
+ current_range.append(times.pop(0))
+
+ elif len(current_range) == 1:
+ ranges.append(TimeRange(
+ start=current_range[0],
+ end=current_range[0],
+ step=0
+ ))
+ current_range = [times.pop(0),]
+
+ else:
+ ranges.append(TimeRange(
+ start=current_range[0],
+ end=current_range[-1],
+ step=1
+ ))
+ current_range = [times.pop(0),]
+ return ranges
+
+ def __len__(self) -> int:
+ return (self.end - self.start) // self.step
+
+ def summary(self) -> str:
+ def fmt(d): return f"{d:04d}"
+ if self.step == 0:
+ return f"{fmt(self.start)}"
+ return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step}"
+
+ def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+ v = int(value)
+ return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0
+
+@dataclass(frozen=True)
+class IntRange(Range):
+ dtype: Literal["int"]
+ start: int
+ end: int
+ step: int
+ dtype: Literal["int"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="int")
+
+ def __len__(self) -> int:
+ return (self.end - self.start) // self.step
+
+ def summary(self) -> str:
+ def fmt(d): return d.strftime("%Y%m%d")
+ return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step}"
+
+ def __contains__(self, value: Any) -> bool:
+ v = int(value)
+ return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0
+
+
+def values_from_json(obj) -> Values:
+ if isinstance(obj, list):
+ return Enum(obj)
+
+ match obj["dtype"]:
+ case "date": return DateRange(**obj)
+ case "time": return TimeRange(**obj)
+ case "int": return IntRange(**obj)
+ case _: raise ValueError(f"Unknown dtype {obj['dtype']}")
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Node:
+ key: str
+ values: Values # Must support len()
+ metadata: dict[str, str] # Applies to all children
+ payload: list[Any] # List of size product(len(n.values) for n in ancestors(self))
+ children: list['Node']
+
+def summarize_node(node: Node) -> tuple[str, Node]:
+ """
+ Extracts a summarized representation of the node while collapsing single-child paths.
+ Returns the summary string and the last node in the chain that has multiple children.
+ """
+ summary = []
+
+ while True:
+ values_summary = node.values.summary()
+ if len(values_summary) > 50:
+ values_summary = values_summary[:50] + "..."
+ summary.append(f"{node.key}={values_summary}")
+
+ # Move down if there's exactly one child, otherwise stop
+ if len(node.children) != 1:
+ break
+ node = node.children[0]
+
+ return ", ".join(summary), node
+
+def node_tree_to_string(node : Node, prefix : str = "", depth = None) -> Iterable[str]:
+ summary, node = summarize_node(node)
+
+ if depth is not None and depth <= 0:
+ yield summary + " - ...\n"
+ return
+ # Special case for nodes with only a single child, this makes the printed representation more compact
+ elif len(node.children) == 1:
+ yield summary + ", "
+ yield from node_tree_to_string(node.children[0], prefix, depth = depth)
+ return
+ else:
+ yield summary + "\n"
+
+ for index, child in enumerate(node.children):
+ connector = "└── " if index == len(node.children) - 1 else "├── "
+ yield prefix + connector
+ extension = " " if index == len(node.children) - 1 else "│ "
+ yield from node_tree_to_string(child, prefix + extension, depth = depth - 1 if depth is not None else None)
+
+def node_tree_to_html(node : Node, prefix : str = "", depth = 1, connector = "") -> Iterable[str]:
+ summary, node = summarize_node(node)
+
+ if len(node.children) == 0:
+ yield f'{connector}{summary}'
+ return
+ else:
+ open = "open" if depth > 0 else ""
+ yield f"{connector}{summary}
"
+
+ for index, child in enumerate(node.children):
+ connector = "└── " if index == len(node.children) - 1 else "├── "
+ extension = " " if index == len(node.children) - 1 else "│ "
+ yield from node_tree_to_html(child, prefix + extension, depth = depth - 1, connector = prefix+connector)
+ yield "
{nodes}" + + def print(self, depth = None): + print("".join(cc for c in self.root.children for cc in node_tree_to_string(node=c, depth = depth))) + + def transform(self, func: Callable[[Node], Node]) -> 'CompressedTree': + "Call a function on every node of the tree, any changes to the children of a node will be ignored." + def transform(node: Node) -> Node: + new_node = func(node) + return dataclasses.replace(new_node, children = [transform(c) for c in node.children]) + return CompressedTree(root=transform(self.root)) + + def guess_datatypes(self) -> 'CompressedTree': + def guess_datatypes(node: Node) -> list[Node]: + # Try to convert enum values into more structured types + children = [cc for c in node.children for cc in guess_datatypes(c)] + + if isinstance(node.values, Enum): + match node.key: + case "time": range_class = TimeRange + case "date": range_class = DateRange + case _: range_class = None + + if range_class is not None: + return [ + dataclasses.replace(node, values = range, children = children) + for range in range_class.from_strings(node.values.values) + ] + return [dataclasses.replace(node, children = children)] + + children = [cc for c in self.root.children for cc in guess_datatypes(c)] + return CompressedTree(root=dataclasses.replace(self.root, children = children)) + + + def select(self, selection : dict[str, str | list[str]], mode: Literal["strict", "relaxed"] = "relaxed") -> 'CompressedTree': + # make all values lists + selection = {k : v if isinstance(v, list) else [v] for k,v in selection.items()} + + def not_none(xs): return [x for x in xs if x is not None] + + def select(node: Node) -> Node | None: + # Check if the key is specified in the selection + if node.key not in selection: + if mode == "strict": + return None + return dataclasses.replace(node, children = not_none(select(c) for c in node.children)) + + # If the key is specified, check if any of the values match + values = Enum([ c for c in selection[node.key] if c in node.values]) + + if not values: + return None + + return dataclasses.replace(node, values = values, children = not_none(select(c) for c in node.children)) + + return CompressedTree(root=dataclasses.replace(self.root, children = not_none(select(c) for c in self.root.children))) + + def to_list_of_cubes(self): + def to_list_of_cubes(node: Node) -> list[list[Node]]: + return [[node] + sub_cube for c in node.children for sub_cube in to_list_of_cubes(c)] + + return to_list_of_cubes(self.root) + + def info(self): + cubes = self.to_list_of_cubes() + print(f"Number of distinct paths: {len(cubes)}") + + + + +# What should the interace look like? + +# tree = CompressedTree.from_json(...) +# tree = CompressedTree.from_protobuf(...) + +# tree.print(depth = 5) # Prints a nice tree representation \ No newline at end of file diff --git a/notebooks/test.ipynb b/notebooks/test.ipynb new file mode 100644 index 0000000..9f2c4ee --- /dev/null +++ b/notebooks/test.ipynb @@ -0,0 +1,231 @@ +{ + "cells": [ + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 1, + "id": "d4ca1d75-6dec-48d3-a448-d46bb0d65602", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "%load_ext autoreload\n", + "%autoreload 2" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 25, + "id": "dbafb47a-db5f-4414-8ce7-6dd3d5b24cd8", + "metadata": {}, + "outputs": [ + { + "data": { + "text/html": [ + "\n", + " \n", + "\n", + "
" + ], + "text/plain": [ + "HTML(html='\\n \\n\\nactivity=scenariomip, class=d1, dataset=climate-dt
├── date=20241201, experiment=ssp3-7.0, expver=0001, generation=1
│ ├── model=icon, realization=1, stream=clte
│ │ ├── levtype=sfc, resolution=high, type=fc, param=130/134/137/146/147/151/165/166/167/168/169/175/17...
│ │ │ ├── time=0000│ │ │ ├── time=0100│ │ │ ├── time=0200│ │ │ ├── time=0300│ │ │ ├── time=0400│ │ │ ├── time=0500│ │ │ ├── time=0600│ │ │ ├── time=0700│ │ │ ├── time=0800│ │ │ ├── time=0900│ │ │ ├── time=1000│ │ │ ├── time=1100│ │ │ ├── time=1200│ │ │ ├── time=1300│ │ │ ├── time=1400│ │ │ ├── time=1500│ │ │ ├── time=1600│ │ │ ├── time=1700│ │ │ ├── time=1800│ │ │ ├── time=1900│ │ │ ├── time=2000│ │ │ └── time=2100│ │ ├── levtype=pl, resolution=high, type=fc, levelist=1/10/100/1000/150/20/200/250/30/300/400/5/50/500/6..., param=129/130/131/132/133/135/157/246
│ │ │ ├── time=0000│ │ │ ├── time=0100│ │ │ ├── time=0200│ │ │ ├── time=0300│ │ │ ├── time=0400│ │ │ ├── time=0500│ │ │ ├── time=0600│ │ │ ├── time=0700│ │ │ ├── time=0800│ │ │ ├── time=0900│ │ │ ├── time=1000│ │ │ ├── time=1100│ │ │ ├── time=1200│ │ │ ├── time=1300│ │ │ ├── time=1400│ │ │ ├── time=1500│ │ │ ├── time=1600│ │ │ ├── time=1700│ │ │ ├── time=1800│ │ │ ├── time=1900│ │ │ ├── time=2000│ │ │ └── time=2100│ │ └── levtype=o2d, resolution=high, type=fc, param=263000/263001/263003/263004/263009/263114/263124, time=0000/to/0000/by/100│ │ ├── levtype=o3d, resolution=high, type=fc
│ │ │ ├── levelist=1/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/2/20/21/22/23/24/2..., param=263500/263501/263505/263506/263507, time=0000/to/0000/by/100│ │ │ └── levelist=73, param=263507, time=0000/to/0000/by/100│ ├── model=ifs-fesom, realization=2, stream=clte
│ │ ├── levtype=o2d, resolution=high/standard, type=fc, param=263000/263001/263002/263003/263004/263100/263101/2..., time=0000/to/0000/by/100│ │ ├── levtype=o3d, resolution=high/standard, type=fc
│ │ │ ├── levelist=1/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/2/20/21/22/23/24/2..., param=263500/263501/263505/263506/263507, time=0000/to/0000/by/100│ │ │ └── levelist=70, param=263507, time=0000/to/0000/by/100│ │ ├── levtype=sol, resolution=high/standard, type=fc, levelist=1/2/3/4/5, param=228141
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│ ├── levtype=sfc, resolution=high/standard, type=fc
│ │ ├── param=129/172, time=0000/to/0000/by/100│ │ └── param=134/137/141/144/146/147/148/151/159/164/165/166/16...
│ │ ├── time=0000│ │ ├── time=0100│ │ ├── time=0200│ │ ├── time=0300│ │ ├── time=0400│ │ ├── time=0500│ │ ├── time=0600│ │ ├── time=0700│ │ ├── time=0800│ │ ├── time=0900│ │ ├── time=1000│ │ ├── time=1100│ │ ├── time=1200│ │ ├── time=1300│ │ ├── time=1400│ │ ├── time=1500│ │ ├── time=1600│ │ ├── time=1700│ │ ├── time=1800│ │ ├── time=1900│ │ ├── time=2000│ │ └── time=2100│ ├── levtype=sol, resolution=high/standard, type=fc, levelist=1/2/3/4/5, param=228141
│ │ ├── time=0000│ │ ├── time=0100│ │ ├── time=0200│ │ ├── time=0300│ │ ├── time=0400│ │ ├── time=0500│ │ ├── time=0600│ │ ├── time=0700│ │ ├── time=0800│ │ ├── time=0900│ │ ├── time=1000│ │ ├── time=1100│ │ ├── time=1200│ │ ├── time=1300│ │ ├── time=1400│ │ ├── time=1500│ │ ├── time=1600│ │ ├── time=1700│ │ ├── time=1800│ │ ├── time=1900│ │ ├── time=2000│ │ └── time=2100│ ├── levtype=o3d, resolution=high/standard, type=fc, levelist=1/10/11/12/13/14/15/16/17/18/19/2/20/21/22/23/24/2..., param=263500/263501/263505/263506/263507, time=0000/to/0000/by/100│ ├── levtype=o2d, resolution=high/standard, type=fc, param=263000/263001/263003/263004/263008/263009/263021/2..., time=0000/to/0000/by/100│ ├── levtype=pl, resolution=high/standard, type=fc, levelist=1/10/100/1000/150/20/200/250/30/300/400/5/50/500/6..., param=129/130/131/132/133/135/157/246/60
│ │ ├── time=0000│ │ ├── time=0100│ │ ├── time=0200│ │ ├── time=0300│ │ ├── time=0400│ │ ├── time=0500│ │ ├── time=0600│ │ ├── time=0700│ │ ├── time=0800│ │ ├── time=0900│ │ ├── time=1000│ │ ├── time=1100│ │ ├── time=1200│ │ ├── time=1300│ │ ├── time=1400│ │ ├── time=1500│ │ ├── time=1600│ │ ├── time=1700│ │ ├── time=1800│ │ ├── time=1900│ │ ├── time=2000│ │ └── time=2100│ └── levtype=hl, resolution=high/standard, type=fc, levelist=100, param=228246/228247
│ ├── time=0000│ ├── time=0100│ ├── time=0200│ ├── time=0300│ ├── time=0400│ ├── time=0500│ ├── time=0600│ ├── time=0700│ ├── time=0800│ ├── time=0900│ ├── time=1000│ ├── time=1100│ ├── time=1200│ ├── time=1300│ ├── time=1400│ ├── time=1500│ ├── time=1600│ ├── time=1700│ ├── time=1800│ ├── time=1900│ ├── time=2000│ └── time=2100├── date=20200101, experiment=ssp3-7.0
│ ├── expver=t004, generation=1, model=icon, realization=1, stream=clte, levtype=sfc, resolution=high, type=fc, param=167/228004
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├── date=20170101, experiment=cont/hist/tplus2.0k, expver=0001, generation=1, model=ifs-fesom, realization=1, stream=clte
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