diff --git a/notebooks/DataCubeTree.py b/notebooks/DataCubeTree.py new file mode 100644 index 0000000..427e198 --- /dev/null +++ b/notebooks/DataCubeTree.py @@ -0,0 +1,395 @@ +import dataclasses +from abc import ABC, abstractmethod +from dataclasses import dataclass +from datetime import date, datetime, timedelta +from typing import Any, Callable, Iterable, Literal + + +@dataclass(frozen=True) +class HTML(): + html: str + def _repr_html_(self): + return self.html + +@dataclass(frozen=True) +class Values(ABC): + @abstractmethod + def summary(self) -> str: + pass + @abstractmethod + def __len__(self) -> int: + pass + + @abstractmethod + def __contains__(self, value: Any) -> bool: + pass + + @abstractmethod + def from_strings(self, values: list[str]) -> list['Values']: + pass + +@dataclass(frozen=True) +class Enum(Values): + """ + The simplest kind of key value is just a list of strings. + summary -> string1/string2/string.... + """ + values: list[Any] + + def __len__(self) -> int: + return len(self.values) + def summary(self) -> str: + return '/'.join(sorted(self.values)) + def __contains__(self, value: Any) -> bool: + return value in self.values + def from_strings(self, values: list[str]) -> list['Values']: + return [Enum(values)] + +@dataclass(frozen=True) +class Range(Values, ABC): + dtype: str = dataclasses.field(kw_only=True) + +@dataclass(frozen=True) +class DateRange(Range): + start: date + end: date + step: timedelta + dtype: Literal["date"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="date") + + @classmethod + def from_strings(self, values: list[str]) -> list['DateRange']: + dates = sorted([datetime.strptime(v, "%Y%m%d") for v in values]) + if len(dates) < 2: + return [DateRange( + start=dates[0], + end=dates[0], + step=timedelta(days=0) + )] + + ranges = [] + current_range, dates = [dates[0],], dates[1:] + while len(dates) > 1: + if dates[0] - current_range[-1] == timedelta(days=1): + current_range.append(dates.pop(0)) + + elif len(current_range) == 1: + ranges.append(DateRange( + start=current_range[0], + end=current_range[0], + step=timedelta(days=0) + )) + current_range = [dates.pop(0),] + + else: + ranges.append(DateRange( + start=current_range[0], + end=current_range[-1], + step=timedelta(days=1) + )) + current_range = [dates.pop(0),] + return ranges + + def __contains__(self, value: Any) -> bool: + v = datetime.strptime(value, "%Y%m%d").date() + return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0 + + + def __len__(self) -> int: + return (self.end - self.start) // self.step + + def summary(self) -> str: + def fmt(d): return d.strftime("%Y%m%d") + if self.step == timedelta(days=0): + return f"{fmt(self.start)}" + if self.step == timedelta(days=1): + return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}" + + return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step // timedelta(days=1)}" + +@dataclass(frozen=True) +class TimeRange(Range): + start: int + end: int + step: int + dtype: Literal["time"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="time") + + @classmethod + def from_strings(self, values: list[str]) -> list['TimeRange']: + if len(values) == 0: return [] + + times = sorted([int(v) for v in values]) + if len(times) < 2: + return [TimeRange( + start=times[0], + end=times[0], + step=100 + )] + + ranges = [] + current_range, times = [times[0],], times[1:] + while len(times) > 1: + if times[0] - current_range[-1] == 1: + current_range.append(times.pop(0)) + + elif len(current_range) == 1: + ranges.append(TimeRange( + start=current_range[0], + end=current_range[0], + step=0 + )) + current_range = [times.pop(0),] + + else: + ranges.append(TimeRange( + start=current_range[0], + end=current_range[-1], + step=1 + )) + current_range = [times.pop(0),] + return ranges + + def __len__(self) -> int: + return (self.end - self.start) // self.step + + def summary(self) -> str: + def fmt(d): return f"{d:04d}" + if self.step == 0: + return f"{fmt(self.start)}" + return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step}" + + def __contains__(self, value: Any) -> bool: + v = int(value) + return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0 + +@dataclass(frozen=True) +class IntRange(Range): + dtype: Literal["int"] + start: int + end: int + step: int + dtype: Literal["int"] = dataclasses.field(kw_only=True, default="int") + + def __len__(self) -> int: + return (self.end - self.start) // self.step + + def summary(self) -> str: + def fmt(d): return d.strftime("%Y%m%d") + return f"{fmt(self.start)}/to/{fmt(self.end)}/by/{self.step}" + + def __contains__(self, value: Any) -> bool: + v = int(value) + return self.start <= v <= self.end and (v - self.start) % self.step == 0 + + +def values_from_json(obj) -> Values: + if isinstance(obj, list): + return Enum(obj) + + match obj["dtype"]: + case "date": return DateRange(**obj) + case "time": return TimeRange(**obj) + case "int": return IntRange(**obj) + case _: raise ValueError(f"Unknown dtype {obj['dtype']}") + +@dataclass(frozen=True) +class Node: + key: str + values: Values # Must support len() + metadata: dict[str, str] # Applies to all children + payload: list[Any] # List of size product(len(n.values) for n in ancestors(self)) + children: list['Node'] + +def summarize_node(node: Node) -> tuple[str, Node]: + """ + Extracts a summarized representation of the node while collapsing single-child paths. + Returns the summary string and the last node in the chain that has multiple children. + """ + summary = [] + + while True: + values_summary = node.values.summary() + if len(values_summary) > 50: + values_summary = values_summary[:50] + "..." + summary.append(f"{node.key}={values_summary}") + + # Move down if there's exactly one child, otherwise stop + if len(node.children) != 1: + break + node = node.children[0] + + return ", ".join(summary), node + +def node_tree_to_string(node : Node, prefix : str = "", depth = None) -> Iterable[str]: + summary, node = summarize_node(node) + + if depth is not None and depth <= 0: + yield summary + " - ...\n" + return + # Special case for nodes with only a single child, this makes the printed representation more compact + elif len(node.children) == 1: + yield summary + ", " + yield from node_tree_to_string(node.children[0], prefix, depth = depth) + return + else: + yield summary + "\n" + + for index, child in enumerate(node.children): + connector = "└── " if index == len(node.children) - 1 else "├── " + yield prefix + connector + extension = " " if index == len(node.children) - 1 else "│ " + yield from node_tree_to_string(child, prefix + extension, depth = depth - 1 if depth is not None else None) + +def node_tree_to_html(node : Node, prefix : str = "", depth = 1, connector = "") -> Iterable[str]: + summary, node = summarize_node(node) + + if len(node.children) == 0: + yield f'{connector}{summary}' + return + else: + open = "open" if depth > 0 else "" + yield f"
{connector}{summary}" + + for index, child in enumerate(node.children): + connector = "└── " if index == len(node.children) - 1 else "├── " + extension = " " if index == len(node.children) - 1 else "│ " + yield from node_tree_to_html(child, prefix + extension, depth = depth - 1, connector = prefix+connector) + yield "
" + +@dataclass(frozen=True) +class CompressedTree: + root: Node + + @classmethod + def from_json(cls, json: dict) -> 'CompressedTree': + def from_json(json: dict) -> Node: + return Node( + key=json["key"], + values=values_from_json(json["values"]), + metadata=json["metadata"] if "metadata" in json else {}, + payload=json["payload"] if "payload" in json else [], + children=[from_json(c) for c in json["children"]] + ) + return CompressedTree(root=from_json(json)) + + def __str__(self): + return "".join(node_tree_to_string(node=self.root)) + + def html(self, depth = 2) -> HTML: + return HTML(self._repr_html_(depth = depth)) + + def _repr_html_(self, depth = 2): + css = """ + + + """ + nodes = "".join(cc for c in self.root.children for cc in node_tree_to_html(node=c, depth=depth)) + return f"{css}
{nodes}
" + + def print(self, depth = None): + print("".join(cc for c in self.root.children for cc in node_tree_to_string(node=c, depth = depth))) + + def transform(self, func: Callable[[Node], Node]) -> 'CompressedTree': + "Call a function on every node of the tree, any changes to the children of a node will be ignored." + def transform(node: Node) -> Node: + new_node = func(node) + return dataclasses.replace(new_node, children = [transform(c) for c in node.children]) + return CompressedTree(root=transform(self.root)) + + def guess_datatypes(self) -> 'CompressedTree': + def guess_datatypes(node: Node) -> list[Node]: + # Try to convert enum values into more structured types + children = [cc for c in node.children for cc in guess_datatypes(c)] + + if isinstance(node.values, Enum): + match node.key: + case "time": range_class = TimeRange + case "date": range_class = DateRange + case _: range_class = None + + if range_class is not None: + return [ + dataclasses.replace(node, values = range, children = children) + for range in range_class.from_strings(node.values.values) + ] + return [dataclasses.replace(node, children = children)] + + children = [cc for c in self.root.children for cc in guess_datatypes(c)] + return CompressedTree(root=dataclasses.replace(self.root, children = children)) + + + def select(self, selection : dict[str, str | list[str]], mode: Literal["strict", "relaxed"] = "relaxed") -> 'CompressedTree': + # make all values lists + selection = {k : v if isinstance(v, list) else [v] for k,v in selection.items()} + + def not_none(xs): return [x for x in xs if x is not None] + + def select(node: Node) -> Node | None: + # Check if the key is specified in the selection + if node.key not in selection: + if mode == "strict": + return None + return dataclasses.replace(node, children = not_none(select(c) for c in node.children)) + + # If the key is specified, check if any of the values match + values = Enum([ c for c in selection[node.key] if c in node.values]) + + if not values: + return None + + return dataclasses.replace(node, values = values, children = not_none(select(c) for c in node.children)) + + return CompressedTree(root=dataclasses.replace(self.root, children = not_none(select(c) for c in self.root.children))) + + def to_list_of_cubes(self): + def to_list_of_cubes(node: Node) -> list[list[Node]]: + return [[node] + sub_cube for c in node.children for sub_cube in to_list_of_cubes(c)] + + return to_list_of_cubes(self.root) + + def info(self): + cubes = self.to_list_of_cubes() + print(f"Number of distinct paths: {len(cubes)}") + + + + +# What should the interace look like? + +# tree = CompressedTree.from_json(...) +# tree = CompressedTree.from_protobuf(...) + +# tree.print(depth = 5) # Prints a nice tree representation \ No newline at end of file diff --git a/notebooks/test.ipynb b/notebooks/test.ipynb new file mode 100644 index 0000000..9f2c4ee --- /dev/null +++ b/notebooks/test.ipynb @@ -0,0 +1,231 @@ +{ + "cells": [ + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 1, + "id": "d4ca1d75-6dec-48d3-a448-d46bb0d65602", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "%load_ext autoreload\n", + "%autoreload 2" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 25, + "id": "dbafb47a-db5f-4414-8ce7-6dd3d5b24cd8", + "metadata": {}, + "outputs": [ + { + "data": { + "text/html": [ + "\n", + " \n", + "\n", + "
activity=scenariomip, class=d1, dataset=climate-dt
├── date=20241201, experiment=ssp3-7.0, expver=0001, generation=1
│ ├── model=icon, realization=1, stream=clte
│ │ ├── levtype=sfc, resolution=high, type=fc, param=130/134/137/146/147/151/165/166/167/168/169/175/17...│ │ │ ├── time=0000│ │ │ ├── time=0100│ │ │ ├── time=0200│ │ │ ├── time=0300│ │ │ ├── time=0400│ │ │ ├── time=0500│ │ │ ├── time=0600│ │ │ ├── time=0700│ │ │ ├── time=0800│ │ │ ├── time=0900│ │ │ ├── time=1000│ │ │ ├── time=1100│ │ │ ├── time=1200│ │ │ ├── time=1300│ │ │ ├── time=1400│ │ │ ├── time=1500│ │ │ ├── time=1600│ │ │ ├── time=1700│ │ │ ├── time=1800│ │ │ ├── time=1900│ │ │ ├── time=2000│ │ │ └── time=2100
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